O minador dos citros prefere vegetações novas, por isso o controle deve ser iniciado na primavera, época de início das brotações e quando ocorre o desenvolvimento da lagarta. 

O controle evita que as plantas fiquem debilitadas e, principalmente, diminui as chances de o pomar ser contaminado pelo cancro cítrico. No entanto, antes de iniciar o controle, é preciso conhecer a incidência da praga nos talhões.

Para isso, divida a propriedade em talhões de, aproximadamente, duas mil plantas. Em cada um, escolha aleatoriamente 1% de árvores (em torno de 20) para fazer o levantamento das plantas (em formação ou em produção) que estejam na fase de vegetação. Examine em cada planta três a cinco ponteiros de ramos recém-brotados e anote se há ou não a presença da praga. 

A presença é positiva quando há na folha pelo menos uma lagarta que esteja no primeiro ou segundo estágio.

- 1º estágio: a cabeça da lagarta é maior que o corpo

- 2º estágio: a lagarta que se encontra em galerias ainda é pouco desenvolvida, distantes da lateral da folha.

O controle deve ser adotado quando há a presença de lagarta vivas no primeiro e segundo estágios na proporção de 10% de ramos, em pomares novos e 30% de ramos nos pomares adultos.

Se a propriedade estiver em região com incidência de cancro cítrico ou se o pomar teve registro da doença, o controle deve ser feito assim que a lagarta for detectada, independente da quantidade.

Controle químico
O controle químico é feito por meio de pulverizações com produtos a base de abamectina misturados com óleo mineral na concentração de 0,25%.

Controle biológico
Pesquisadores do Fundecitrus, Embrapa, ESALQ/USP e Gravena Manejo Ecológico trouxeram da Flórida (EUA), em agosto de 1998, a microvespa Ageniaspis citricola, um inimigo natural do minador dos citros.

O inseto parasita o ovo e o primeiro estágio da larva e sua presença nos pomares reduz a população do minador dos citros, diminuindo as contaminações pela bactéria do cancro cítrico.

O trabalho de liberação é relativamente simples. Após a reprodução em laboratório, as vespas são colocadas em gaiolas com folhas infestadas pelo minador e parasitam a praga. Em seguida, são levadas ao pomar em recipientes protegidos com tela, que são fixados nos galhos das árvores. Dias depois, os adultos emergem e se espalham pelos talhões.

Nos Brasil, a microvespa chega a parasitar 76% dos ovos e lagartas do minador, mas o uso de inseticidas não seletivos reduziram significativamente a população deste inseto e geraram uma redução no parasitismo.