O meliponário do Fundecitrus, instalado no gramado de sua sede, tem como objetivo contribuir com a preservação das abelhas. Ele faz parte de um projeto que avalia, por meio de experimentos de campo, a convivência entre citricultura e apicultura.
O meliponário abriga quatro espécies de abelhas. Cada uma ocupa uma caixa de formato diferente, que busca recriar os ambientes e condições onde elas fazem suas colmeias na natureza. Por exemplo, caixas verticais são para abelhas que vivem dentro do tronco das árvores, já a caixa horizontal é para abelhas que preferem os troncos caídos no chão. O local é cercado por lavanda, planta rica em néctar e que atrai as abelhas.

As abelhas do meliponário não possuem ferrão ou têm ferrão atrofiado, são elas:

Jataí: forma colônias de 2 mil a 5mil abelhas. Constrói seus ninhos nos espaços ocos. Produz mel relativamente ácido e frutado.

Uruçu-amarela: ameaçada de extinção, vive em regiões quentes e úmidas. Mel agridoce, floral e/ou com notas herbáceas.

Iraí: pequena e muito mansa, forma colônias de 2 mil a 3 mil abelhas. Constrói seus ninhos nos espaços ocos. Mel doce, frutado, com notas de resina.

Mirim-preguiça: colônias de 300 a 2.500 abelhas. Pequena e mansa, tem esse nome por trabalhar somente nas horas mais quentes do dia.

Dentre os polinizadores, as abelhas são os mais importantes para toda a vida na Terra: sem elas perderíamos aproximadamente 70% dos alimentos que são polinizados por suas espécies. Nos citros, 80% das visitas são feitas por abelhas, atraídas pelo perfume e abundância de néctar das flores. O mel de laranjeira tem mais aceitação devido ao seu tom claro e sabor suave.

Alta produção de mel no Cinturão Citrícola Segundo dados do IBGE, mais de 80% do mel produzido no estado de São Paulo vem de municípios que cultivam citros. Nessa região, o crescimento da produção de mel de 2000 a 2016 foi muito maior (+136%) do que em cidades fora do cinturão citrícola (+72%).