O Centro de Educação (C.E.) Fundecitrus foi criado no final da década de 1990 pelo Fundecitrus em parceria com o poder público. Localizado em Araraquara (SP), próximo ao Fundecitrus, atende cerca de 300 crianças e adolescentes, de seis a 14 anos, no período de contraturno escolar.

Os alunos recebem aulas de reforço, música e esportes, dentre outras, e participam de oficinas de leitura e educação ambiental.

O Fundecitrus oferece à escola suporte para manutenção e melhoria de infraestrutura, com reformas e consertos, doação de equipamentos e materiais, além de palestras, ações e campanhas em prol dos alunos.

Em 2019, funcionários do Fundecitrus, em uma ação voluntária, revitalizaram a horta do C.E. com a participação dos alunos. A produção passou a ser utilizada no preparo das refeições servidas diariamente aos estudantes.